As coletas realizadas pelo Instituto do Meio Ambiente do Estado de Santa Catarina (IMA) seguem as normas da Resolução Conama nº 274/2000 (Conselho Nacional do Meio Ambiente).

Os técnicos fazem as coletas da água do mar a até 1 (um) metro de profundidade, na quantidade de 100 mililitros em cada ponto. O material coletado é submetido a exames bacteriológicos durante 18 horas. São necessárias 5 (cinco) coletas consecutivas para se obter um resultado tecnicamente confiável.

Para as análises são levados em consideração aspectos como condições de maré, incidência pluviométrica nas últimas 24 horas no local, a temperatura da amostra e do ar no momento da coleta (parâmetro físico) e a imediata condução para a pesquisa em crescimento bacteriano.

As coletas são realizadas sempre no período matutino. Durante a alta temporada, de outubro a março, a pesquisa é realizada todas as semanas. De abril a setembro, o monitoramento ocorre mensalmente.